Elitaş, söz konusu yasanın 4 partinin mutabakatı sonucu TBMM’den geçtiğini öne sürmüştü. Baykal, "Böyle bir talimatım kesinlikle olmadı. Hiç güvenilmeyen bir siyasi iktidara neden böyle bir destek vereyim ki?" dedi.
26 Haziran 2009’da Türk Ceza Kanunu’nda bazı değişiklikler öngören değişikliği gündeme getiren eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, "Bu kanun teklifini kim hazırladı? Tamamen FETÖ ile ilgili. Bu araştırılsın” dedi. Kamuoyunda ‘gece yarısı operasyonu’ olarak bilinen tasarıda AKP'li Mustafa Elitaş’ın da imzası bulunuyordu. Elitaş, söz konusu yasanın 4 partinin mutabakatı sonucu TBMM’den geçtiğini öne sürdü ve şunları ileri sürmüştü:
"CHP Genel Başkanı Sayın Deniz Baykal, 23 Haziran 2009 tarihinde meclis grup toplantısında, 'Türkiye'yi askeri darbe arayışına sürükleyen ortamı tasfiye etme arayışı içindeysen, getir gereğini yapalım' diye Sayın Recep Tayyip Erdoğan'a çağrıda bulundu. Başbakan Sayın Erdoğan da 'Tamam, grup başkanvekilleriniz gelsin gerekli yasa değişikliğini yapalım' diye davet etti. Sayın Baykal'ın talimatı ile CHP grup başkanvekilleri önce Adalet Bakanı Sadullah Ergin ile görüştüler sonra meclisteki 4 parti mutabakat sağladık. Yasa Meclis'ten oy birliği ile geçti. Ancak daha sonra Sayın Baykal, 'Meclis'te gece yarısı darbesiyle çok önemli değişiklikler oldubitti ile halledilmek isteniyor' dedi ve CHP yön değiştirip Anayasa Mahkemesi'ne dava açtı ve o madde iptal oldu. Sayın Başbuğ'un o ifadesine göre, bu durumda hepimiz FETÖ'cüyüz demek mi oluyor."
Yeniçağ gazetesinden Orhan Uğuroğlu’na konuşan Baykal Elitaş’ın iddiasını yalanladı. Uğurluoğlu bugünkü köşesine Baykal'la gerçekleştirdiği röportajı şöyle aktardı:
- Sordum: Askerlerin sivil yargıda yargılanması için AKP'ye destek verdiniz mi?
Baykal: "Böyle bir talimatım kesinlikle olmadı. Meclis grup başkanvekillerimiz, Hakkı Süha Okay, Kemal Anadol ve Kemal Kılıçdaroğlu her zaman çok güvendiğim siyasi dava arkadaşlarımdır. Yazınızda adı geçen Alirıza Öztürk de güvendiğim hukukçular arasındadır."
- Sordum: Demokratikleşmeye destek amacı ile bu desteği AKP'ye verdiğiniz iddia edildi.
Baykal: "12 Eylül darbesinin mağduru siyasetçilerden birisi olarak anayasa ve yasalardaki tüm anti demokratik hükümlerin çıkarılması için elbette o gün çağrı yaptım, bugün de aynı çağrıyı yapıyorum.
Hiç güvenilmeyen bir siyasi iktidara neden böyle bir destek vereyim ki?"