12 Haziran 2007 tarihinde Ümraniye'de bir gecekonduda bulunan el bombalarıyla başlayan Ergenekon operasyonun dalgaları 22 aydır devam ediyor. İlk beş dalgada gözaltına alınan ve 46'sı tutuklanan 86 sanık hakkında dava açıldı ve 74. duruşması tamamlandı. 6'ıncı dalgadan 10. dagaya kadar olan operasyonlarda gözaltına alınanlardan 19'u tutuklu 37'si tutuksuz toplam 56 sanık hakkında 2. iddianameyle düzenlenen dava açıldı. 10 ve 11. dalgalarda gözaltına alınanların yer alacağı 3. iddianamenin yazımını ise dört gün önce başlandı.
1. Dalga: Ümraniye'de 27 el bombası
Tarih: 12 Haziran 2007
Ümraniye'de bir gecekonduda 27 el bombası, TNT kalıpları ve fünyeler ele geçirildi. Emekli astsubay Oktay Yıldırım, emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin, emekli Astsubay Mahmut Öztürk, Kuvayi Milliye Derneği Başkanı Bekir Öztürk tutuklandı.
2. Dalga: Eskişehir'de ele geçirilen patlayıcılar
Tarih: 26 Haziran- 26 Ağustos 2007
Eski Binbaşı Fikret Emek'in annesine ait Eskişehir'deki evde 26 Haziran 2007'de yapılan aramada 11 kilo plastik patlayıcı ve suikast tüfeği 'Kanas' ele geçirildi. Emek tutuklandı. 15 Temmuz'da yazar Ergün Poyraz, eski Yüzbaşı Gazi Güder, Fuat Ermiş, İsmail Yıldız, Asuman Özdemir ve son olarak da 26 Ağustos 2007 tarihinde Mete Yalazangil tutuklandı.
3. Dalga: Emekli Tuğgeneral Küçük tutuklandı
Tarih: 28 Ocak 2008
Emekli Tuğgeneral Veli Küçük, eski Yüzbaşı Mehmet Zekeriya Öztürk, Muhammed Yüce, Kemal Kerinçsiz, Sami Hoştan, Ali Yasak (Drej Ali), Fikri Karadağ, Sevgi Erenerol, Hüseyin Görüm, Alpaslan Abdulkadir, kahraman Şahin, Erol Ölmez, Erkut Ersoy ve Ümit Oğuztan tutuklandı.
4. Dalga: Akademisyen ve gazeteciler
Tarih: 26 Şubat 2008
Doç. Dr. Ümit Sayın, Doç. Dr. Emin Gürses, Özallar'ın kuyumcusu olarak ün yapan sosyete kuyumcusu Hayrettin Ertekin, gazeteci Vedat Yenerer, Noel Baba Barış Konseyi Derneği Başkanı Muammer Karabulut tutuklandı.
5. Dalga: İP Lideri Perinçek cezaevine gönderildi
Tarih:24 Mart 2008
Ankara'da İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek ve İstanbul'da eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu ile Cumhuriyet Gazetesi İmtiyaz Sahibi İlhan Selçuk'un da aralarında bulunduğu 13 kişi gözaltına alındı. Perinçek tutuklanırken, Alemdaroğlu ve Selçuk savcılık sorgusunun ardından tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakıldı.
6. Dalga: Şener Eruygur ve Hurşit Tolon cezaevinde
Tarih: 5 Temmuz 2008
Eski Jandarma Genel Komutanı, Atatürkçü Düşünce Derneği Genel Başkanı Orgeneral Şener Eruygur, eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Hurşit Tolon, ATO Başkanı Sinan Aygün, Cumhuriyet Gazetesi yazarı Mustafa Balbay gözaltına alındı. Eruygur ve Tolon tutuklandı. Aygün sonra tahliye edildi, Balbay ise iki ay önce tutuklandı.
7. Dalga: Sisi ve Nurseli İdiz gözaltında
Tarih: 19 Eylül 2008
Eski Ülkü Ocakları İstanbul İl Başkanı Levent Temiz, 'Sisi' lakaplı Seyhan Soylu, sanatçı Nurseli İdiz'in de aralarında bulunduğu 11 kişi gözaltına alındı.
8. Dalga: Tuncay Özkan, Adil Serdar Saçan ve Gürbüz Çapan tutuklandı
Tarih:23 Eylül 2008
Gazeteci Tuncay Özkan, İstanbul eski Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürü Adil Serdar Saçan ve eski Esenyurt Belediye Başkanı Gürbüz Çapan'ın da aralarında bulunduğu 6 kişi tutuklandı.
9. Dalga: Eski Cumhuriyet Savcısı Ertaç Giray gözaltına alınıp serbest bırakıldı
Tarih: 22 Ekim 2008
3 Ergenekon sanığının avukatlığını yapan Sarıyer eski Cumhuriyet Savcısı Ertaç Giray gözaltına alındı ve savcılıktaki sorgusunun ardından serbest bırakıldı. Koruması Hüseyin Keskin ise tutuklandı.
10.Dalga: Orgeneral Kılınç, Tümgeneral Şenel ve eski YÖK Başkanı Gürüz gözaltına alındı
Tarih: 8 Ocak 2009
12 ilde düzenlenen operasyonlarda aralarında muvazzaf subayların da bulunduğu 37 kişi gözaltına alındı. Eski MGK Genel Sekreteri Tuncer Kılınç, eski G.Kurmay Hukuk Müşaviri Tümgeneral Erdal Şenel, yazar Yalçın Küçük, eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz, Yarbay Mustafa Dönmez, yüzbaşı Muhammet Sarıkaya, eski Özel Harekatçı İbrahim Şahin, Şahin'in yeğeni Erdal Şahin, emekli Albay Mustafa Levent Göktaş, gazeteci Engin Aydın, Emekli General Kemal Yavuz, emekli Albaylar İlyas Çınar ve Hüseyin Vural, Çağdaş Türkiye Partisi Başkanı Hasan Ataman Yıldırım, Dalan'ın oğlu Barış Dalan, Dalan'ın özel kalem müdürü İlhami Ümit Handan, Coşkun Umur gözaltına alındı. 17 kişi tutuklandı.
11. DALGA: Finans Operasyonu. Sendikacı Özbek'e gözaltı
Tarih: 24 Ocak 2009
Ankara ve İstanbul'da düzenlendi. Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek, araştırmacı Erhan Göksel, Elazığ Emniyet Müdürlüğü Özel Harekat Şube Müdürü Ayhan Atabek ve Emniyet Amiri Servet Kaynar'ın da aralarında bulunduğu 11'i polis 18 zanlı ile 8 muvazzaf subay gözaltına alındı. Mustafa Özbek, 10 polis ile muvazzaf subaylardan 7'si tutuklandı.
ARA TUTUKLAMALAR
Soruşturma sürerken dalgalar dışında arada tek tek gözaltılar da yaşandı. JİTEM'ci emekli Albay Arif Doğan 14 Ağustos 2008'de Ankara'da gözaltına alınıp tutuklandı. Yine Ekim-Aralık 2008 tarihlerinde Bursa'da kendisini yüzbaşı olarak tanıtan Yüksel Dilsiz ve 60 yaşındaki emekli polis memuru Mustafa Kemal Yaşamaz tutuklandı.