Hürriyet'ten Toygun Atilla'nın haberine göre, 2009'un eylül ayında bir soruşturma kapsamında gözaltına alındı. Nezarethanede yan yana oldukları isimler arasında Hava Kuvvetleri Başsavcısı hâkim Albay Ahmet Zeki Üçok da vardı. İkisi de tutuklandı. 15 ay sonra iddianame çıktığında hakkında 51 yıl hapis cezası isteniyordu. Cezaevinde tutuklu bulunduğu sırada başına gelenleri sorguladı.
Silivri Cezaevi’nde geçen 3 yılın ardından 2012’de tahliye edildi. Tutuksuz yargılanıyordu. 2013’te mahkeme kararını açıkladı. 51 yıl hapis cezasına çarptırılınc Almanya'ya gitti. 2016'da gerçekleştirileren darbe girişiminin ardından kendisini yargılayan hâkin Almanya'ya gitti.
“Liddl” adlı bir alışveriş mağazasındaydı. Alışveriş yaptığı sırada kendisi hakkınd karar veren Hikmet Usta ile karşılaştı.Aklından ilk geçen şeyin saldırmak olduğunu ifade eden Kılıç, takip ederek Almanya'da firari Zekeriya Öz'ün de izine rastladı.