Sezon finali olan yeni bölümde Sultan Osman, Halime Sultan ve Dilruba Sultan'ın ölümü payitahtı sarsıyor.
Sultan Osman'ın tahttan indirilmesi için komplo hazırlayan Halime Sultan amacına ulaşıyor. Yeniçeriler tarafından düşman olarak görülen Sultan Osman'a linç girişiminde bulunuluyor. Sultan Osman'ı korumak isteyen Zülfikar başka bir yeniçeri tarafından bıçaklanıyor. Kösem Sultan tüm yaşananlara boyun eğmek zorunda kalsa da, kısa süre içinde intikamını alıyor. Önce Sultan Osman'ı katlettiği gerekçesiyle Davut Paşa tutuklanıyor. Ardındansa Dilruba Sultan'ın hançerle hayatı elinden alınıyor. Kızını kayettiğinden haberi dahi olmayan Halime Sultan ise kısa süre içinde kahvesine konulan zehirle ölüyor.
Muhteşem Yüzyıl Kösem son bölümde, Kösem Sultan ve Safiye Sultan son kez karşı karşıya geldi. Safiye Sultan, Şehzade İskender'in ölümünden Kösem'i sorumlu tuttu. Sultanların arasındaki savaşta kötü bir son yaşandı.
Yeniçeri ile karşı karşıya gelen Sultan Osman seferden dönmek zorunda kaldı. Osman, yenişerileri isyan ettiren Kösem'in iktidarına son verebilmek için onu payitahttan sürgü etti. Sefer kutlamaları yapılırken acı bir kaza yaşandı. Yaşanan kazadan Kösem'i sorumlu tutan Osman, Kösem'e iyice düşman oldu.
Sultan Osman, bugüne dek görülmemiş bir şey yaparak, hacca gitme kararı aldı.Osman, Mısır’a gidip asker toplayacak ve yeniçeri ocağını kaldırmayı planladı. Osman’ın aldığı karar sonun başlangıcı oldu. Osman, Yeniçeri ocağını kaldırmaya karar verdi. Osman'ın gizli planını öğrenen yeniçeriler isyan etti. İstanbul ve saray yangın yerine döndü. Sultan Osman has odada sıkışıp kaldı. Şehzadeleri kurtarmak isteyen Cennet, şehzadeleri saraydan kaçırdı. Kösem her yerde şehzadeleri ararken, ortalıktan kayboldu.
Halime Sultan ise krizi fırsata çevirmek için harekete geçti. Halime, Mustafa'nın tahta çıkması için isyanı körükledi.Sarayı basan askerler Mustafa’ya biat etti. Dilruba Sultan, Kösem'i ateşe atacak bir teklifte bulundu.