Orgeneral Çolak ve Uyar, karargaha geldiklerinde derdest edilmeye çalışıldı. Bu sırada Kara Kuvvetleri Komutanı koruma astsubayı Kıdemli Başçavuş Bülent Aydın buna engel olmaya çalıştı. Bunun üzerine Aydın, darbe girişiminde bulunan askerlerce Genelkurmay karargahında şehit edildi. Koruma Müdürü Yüzbaşı Burak Akın ise komutanları korumak isterken yaralandı.
Genelkurmay Başkanı Orgeneral Hulusi Akar ile Emir Subayı Yarbay Levent Türkkan
Bu sırada Genelkurmay Başkanı Orgeneral Akar ile Genelkurmay 2. Başkanı Orgeneral Yaşar Güler, darbe girişiminde bulunan askerlerce başka bir yere götürüldü. Yere yatırılan Orgeneral Çolak ve Orgeneral Uyar'ın elleri arkadan kelepçelendi.
Bir süre Genelkurmay Başkanlığı karargahında tutulan Çolak ve Uyar daha sonra karargaha inen bir helikoptere bindirilerek Akıncı Hava Üssü'ne götürüldü. Komutanlar buradaki bir odada elleri ve gözleri bağlı tutuldu. Orgeneral Çolak ve Orgeneral Uyar 16 Temmuz saat 15.30'da yapılan operasyonla kurtarıldı.
Genelkurmay 2. Başkanı Orgeneral Güler ve aralarında Genelkurmay Basın ve Halkla İlişkiler Daire Başkanı Tuğgeneral Ertuğrulgazi Özkürkçü'nün de bulunduğu bazı üst rütbeli subaylar ise saat 17.00'de kurtarılarak evlerine döndü.
Öte yandan darbe girişiminin tespit edilmesi üzerine Kara Kuvvetleri Komutanlığınca birliklerde meydana gelen nümayiş hareketlerinin kontrol edilmesi için hemen gerekli tedbirler alındı.